El razonamiento que hizo Rutherford fue, que la mayoría de las partículas alfa, habían pasado fácilmente a través de las partes exteriores de los átomos, en tanto que unas pocas partículas habían rebotado contra un objeto en el interior del átomo, denso, pequeño y cargado positivamente.
A pesar de haber tenido que descartar su hipótesis inicial acerca de que los átomos eran bolas permeables, este experimento le permitió efectuar la nueva hipótesis de que los átomos tienen núcleo. Este nuevo modelo explicó los resultados de sus experimentos, y fue una piedra fundamental en el desarrollo de la moderna teoría atómica.
La ruta del Modelo Standard incluye una explicación del modelo atómico en base a partículas subatómicas.